Ubuntu phân chia tất cả phần mềm thành 4 phần, được gọi là các thành phần, để thể hiện sự khác nhau trong bản quyền và mức độ được hỗ trợ.

Các gói được quy về các thành phần như sau:

Phần mềm "tự do" ở đây chỉ bao gồm những phần mềm thoả yêu cầu giấy phép của Ubuntu, nói chung, tương ứng với chính sách phần mềm tự do của Debian. (Dù sao, cũng có một ngoại lệ cho Main; nó "cũng có thể bao gồm các firmware nhị phân, các phông chữ (các phần được dùng bởi các thành phần của Main) không được phép sửa đổi nếu không có sự cho phép của tác giả" khi việc phân phối lại chúng không bị gây trở ngại.")

Phần mềm không tự do thường không được hỗ trợ (Multiverse), nhưng cũng có ngoại lệ (Restricted) cho một số phần mềm không tự do quan trọng, như trình điều khiển của các thiết bị, không có chúng, người dùng không thể sử dụng Ubuntu trên hệ thống của họ, đặc biệt là các trình điều khiển card đồ hoạ nhị phân. Mức độ hỗ trợ bị giới hạn hơn main, vì các nhà phát triển không thể truy cập vào mã nguồn.

Thường thì Main và Restricted chứa tất cả phần mềm cho một hệ thống Linux thông thường. Các phần mềm khác có cùng chức năng và các phần mềm chuyên dụng được liệt kê trong Universe và Multiverse.

Ngoài các kho chính thức ra còn có Ubuntu Backports, một dự án được công nhận chính thức, liệt kê các phiên bản mới hơn của một vài phần mềm nào đó chỉ có trong phiên bản không ổn định của Ubuntu. Các kho không thể bao gồm tất cả nhưng nó chứa hầu hết các gói được người dùng yêu cầu, các gói này được liệt kê chỉ khi chúng đáp ứng được các yêu cầu về chất lượng.

Ubuntu có một hệ thống chứng nhận cho phần mềm của bên thứ ba. Ubuntu chứng nhận phần mềm độc quyền sẽ làm việc tốt trong Ubuntu. Dù sao, vẫn có nhiều chương trình quen thuộc với người dùng trên các hệ điều hành không tự do, như Microsoft Windows, không tương thích và chưa được Ubuntu chứng nhận. Một vài phần mềm độc quyền không giới hạn bản phân phối được đưa vào thành phần multiverse của Ubuntu.Vài ví dụ về phần mềm không được phân phối bởi Ubuntu gồm có:

• Phần mềm cho phép chơi các tập tin video DVD đã bị khóa mã vùng, bởi vì tình trạng có vấn đề về luật pháp của thư viện giải mã DVD mã nguồn mở DeCSS tại nhiều khu vực trên thế giới.[5]
• Thư viện mã hóa và giải mã cho nhiều định dạng độc quyền (hình ảnh/âm thanh) như Windows Media.
• Một số phần mở rộng được ưa chuộng cho các trình duyệt web, như Adobe's (trước là Macromedia's) Shockwave (không có phiên bản cho Linux) và Flash (một cách khắc phục cho sự ngăn cấm việc phân phối lại đã được quy định trong thỏa thuận bản quyền cho người dùng cuối là gói multiverse "flashplugin-nonfree" (flashplugin-không tự do), gói này sẽ tự động tải Linux Flash plugin trực tiếp từ trang web của Adobe và sau đó cài đặt nó.)